La Cour des comptes a publié un rapport particulier de 130 pages suite à une vaste enquête sur le Secours catholique (ce document est consultable sur le site internet www.ccomptes.fr). Elle a relevé une série de problèmes : une « gestion hasardeuse » de la trésorerie de l’organisme caritatif qui a entraîné plus de dix millions de pertes boursières en 2002 ; des méthodes d’enregistrement analytiques qui ont « appelé plusieurs réserves sérieuses » de la part des hauts fonctionnaires ; des partenariats internationaux parfois insuffisamment rigoureux ; un fonctionnement contrasté entre le siège et 4100 équipes locales très dispersées et parfois jalouses de leur indépendance. Le Secours catholique a répondu en faisant valoir qu’il s’était engagé à davantage de rigueur sur les différents points évoqués par la Cour. Il est à noter que les magistrats financiers ont également contrôlé une autre grande organisation caritative, ATD-Quart Monde. Cet audit a suscité ce commentaire admiratif de Philippe Séguin, président de la Cour : « Un contrôle comme nous aimerions en conduire souvent tant la gestion que nous avons eue à examiner est exemplaire. »
